查干湖区具有丰富的自然资源。是著名的渔业生产基地和芦苇生产基地。有鱼类15科68种，年产鲜鱼吨，水花1.5亿尾，鱼苗吨，查干湖盛产的胖头鱼获得了国家AA级绿色食品和有机食品双认证。芦苇5万吨。查干湖及周边地下蕴藏着丰富的石油和天然气资源。

查干湖被批准为省级自然保护区。开发区成立以后，经过近几年的开发建设，查干湖又被国务院批准为国家级自然保护区。保护区内有鸟类15目34科种，其中水禽类13科种，有国家一级保护的东方白鹳、黑鹳、丹顶鹤、白鹤、白头鹤、金雕、白尾海雕、大鸨、中华秋沙鸭等9种，有国家二级保护的白天鹅、灰鹤、雀鹰、黑脸琵鹭等共35种。有野生植物余种，其中药用植物种。

查干湖自然保护区生境以湖、泡、江、河以及沼泽湿地为主，但还有林地、田野、草甸、灌木丛和居民点等，因此，赖以栖息、生存的鸟种也较多。据考察有种，隶属于16目17科，占吉林省鸟种数（种）的71.6%。在这种鸟类中，以水禽类居多，计种，占区内鸟种数的41.3%，其中包括有鸊鷉目、鹈形目、鹳形目、雁形目、鹤形目、鸥形目及佛法僧目翠鸟科的鸟类；另外，雀形目鸣禽类鸟种也很丰富，计种，占41.8%；再者是猛禽类23种，占9.6%。

按鸟类居留型来分析，本区鸟类以旅鸟种类居多，计种，占45.6%；其次是夏候鸟，计97种，占40.6%；这说明本保护区是候鸟的重要繁殖地和迁徙途中的重要停歇地。

保护区有哺乳类兽类动物25种，隶属于5目12科。占吉林省兽类总数（81种）的30.9%。在这25种兽类中食肉类动物计5种，占33.3%。包括狼、赤狐、貉、黄鼬及艾鼬。啮齿目种类最丰富，计15种。

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