吉林省有24个国家级自然保护区，分别有轩湖旅游度假区、吉林龙湾群国家森林公园、长白山风景区、向海国家级自然保护区、莫莫格国家级自然保护区、吉林通化石湖国家森林公园、波罗湖自然保护区、珲春东北虎自然保护区、雁鸣湖自然保护区、集安自然保护区等。

轩湖旅游度假区位于松原市前郭尔洛斯蒙古族自治县境内，是国家级水利风景名胜区，全国县域旅游品牌百强景区之一。已成为东北地区重要的渔业生产基地和吉林省西部的草原旅游景区。中国十大淡水湖之一，中国北方大型草原湖，吉林省大型内陆湖泊，吉林省著名渔业生产基地、芦苇生产基地和著名旅游胜地。

吉林龙湾群国家森林公园位于吉林省通化市惠南县金川镇，水域面积公顷。公园里绿草如茵，花团锦簇，奇花异木，古树参天，形形色色，远眺百里森林，尽收眼底。

长白山风景区因其白色浮石和雪而得名。它是鸭绿江、松花江和图们江的发源地，是中国满族的发源地和满族文化的圣山。它有“千年雪是一年生松，达到世界最高峰”的美誉。长白山资源丰富，动植物种类繁多，有神山、圣水、麒麟、仙果等旅游景点。

向海国家级自然保护区成立于年，位于吉林省通榆县。是AAAA级旅游景区。它是内陆湿地和水生态系统的自然保护区，主要目的是保护丹顶鹤等珍稀水禽和蒙古黄榆等珍稀植物群落。保护区曾被亲荷兰的恩哈德誉为“地球上的仙境”。

莫莫格国家级自然保护区是国家AAAA级风景名胜区，始建于年，位于镇赉县东北部。保护区内沼泽丛生，绿草成荫，鹤翩翩起舞，鸟语花香，环境幽静，风景秀丽。它是科尔沁草原上的一颗璀璨明珠，一个人人向往的神秘而朴素的人间仙境，被鹤迷住了。

吉林通化石湖国家森林公园位于通化县石湖镇南部。这里的山脉高大雄伟，群山重叠。最高峰老巴尔地子海拔米，是吉林省第二高峰。

波罗湖自然保护区位于农安县西部，是一个内陆闭流碱性淡水湖，是长春市最大的淡水湖，吉林省第三大泡塘，吉林省中部唯一的大型自然湿地。保护区的重点保护对象是博罗湖和敖包吐宝的自然湿地生态系统，鹤和鹳等珍稀濒危鸟类，以及独特地理位置的生物多样性。

珲春东北虎自然保护区位于吉林省延边朝鲜族自治州东部中俄朝交界处。主要保护对象为国际濒危物种、国家一级重点保护野生动物东北虎豹及其栖息地。

雁鸣湖自然保护区水资源特别丰富。有大小水库82座，主要为雁鸣湖水库和塔拉湖水库，盛产54种野生珍贵淡水鱼，是淡水鱼集散地之一。雁鸣湖以山、水、林、沙、花等旅游资源、自然生态景观、精致的天然美食和淳朴的民俗风情吸引着来自世界各地的游客。

集安自然保护区位于吉安市西北部，距市区19公里，其主要目的是保护珍稀濒危野生植物资源及其自然生态环境。重点保护对象是典型的自然地理区域和独特的森林生态系统、珍稀濒危野生植物、珍稀和濒危野生动物及其栖息地。